logo
dividerآرشیو اخبارdividerسخنرانی آقای مهندس پورابراهیم در دوره آموزشی بین المللی برنج
سخنرانی آقای مهندس پورابراهیم در دوره آموزشی بین المللی برنج
سخنرانی آقای مهندس پورابراهیم در دوره آموزشی بین المللی برنج

 

در راستای انجام دوره آموزشی بین المللی اصلاح مولکولی برنج که از سوی مرکز برنج آسیای مرکزی و غربی (در رشت) و با حضور کارشناسان برنج از هشت کشور ایران، افغانستان، آذربایجان، عراق، قزاقستان، قرقیزستان، تاجیکستان و ترکیه، برگزار شد، آقای مهندس پورابراهیم؛ پژوهشگر بخش ژنومیکس، با دو موضوع "استخراج آر ان ای و ریل تایم پی سی آر" (Demonstration for RNA Extraction & Real Time PCR) و "بررسی داده های بیان ژن" (Gene Expression Data Analysis)، یکی از سخنرانان روز هفتم این دوره آموزشی بود. چکیده سخنرانی ایشان در ادامه می آید؛

ایشان در سخنرانی نخست خود، به اصول اولیه ریل تام پی سی آر اشاره کرد که این روش، همانند روش پی سی آر می باشد، با این تفاوت که در آن، همچنان که یک توالی ویژه تکثیر میشود، "سنجش کمی" توالی نیز انجام می شود. در این ترفند، با بکارگیری نشانگرهای فلورسنت، میزان تکثیر فراورده نیز ردیابی میشود. این نشانگرهای فلورسنت به گونه ای طراحی شده اند که با پیوند به فراورده تکثیری، نور فلورسنت آزاد میکنند که این نور، توسط دستگاه ریل تایم خوانش میشود. بنابراین میزان بازتابش نور بیشتر و افزایش ثبت آن در دستگاه، برابر با تکثیر بیشتر محصول بوده و رابطه مستقیمی میان این دو وجود دارد. این نشانگرها یا غیر اختصاصی هستند؛ همچون سایبرگرین یا اِواگرین و یا اختصاصی؛ همچون نشانگرهای تکمن (Taqman Probes) و آغازگرهای اسکورپیون (scorpion primers). کاربردهای روش ریل تایم را در مواردی همچون بررسی بیان ژن، شناسایی بیماری ها و آزمایش مواد خوراکی مانند منابع GMO و نیز بهنژادی جانوران و گیاهان با بهره گیری از شمار رونوشت های ژن (gene copy numbers) می باشد.

پژوهشگر پژوهشکده بیوتکنولوژی جانوری ضمن اشاره به منحنی رشد پی سی آر و نمودار (گراف) رسم شده از رشد تکثیر فراورده در دستگاه ریل تایم و موارد کلیدی در این نمودار همچون؛ منطقه پایه (base line region)، مرحله نمایی (exponential phase) و مرحله فلات (plateau phase)، به مفاهیم پایه ای بر روی نمودار از جمله CT (Cycle of Threshold) به عنوان چرخه ای که از یک حد آستانه در ریل تایم پی سی آر فراتر میرود، اشاره کرده و مفهوم CT کمتر یا بیشتر بر روی نمودار را با ذکر مثال برای حاضران بازگو کرد.

تغییر نسبی (fold change)، شیوه پردازش آن و تاثیر کارایی آغازگرهای بکار رفته در ریل تایم، اجزای دستگاه ریل تایم پی سی آر و سامانه موجود در پژوهشکده، روند آماده سازی دستور کار و پلیت و گردآوری داده ها و واکاوی آنها از دیگر موارد طرح شده برای حاضران در نشست بود.

ایشان در سخنرانی دوم خود، به موضوع "بررسی بیان ژن" پرداخت. وی با اشاره به روش های پایه ای همچون؛ سنجش مستقل (Absolute quantification) (که در مواردی چون تعیین شمار رونوشتها از ژن یا کروموزوم و همچنین میزان ماده ژنتیکی ویروس کاربرد دارد) و سنجش وابسته (relative quantification) (که در مواردی چون بررسی نسبت بیان ژن در چندین ژن و همچنین بررسی SiRNA ها کاربرد دارد)، به تشریح آنها پرداخت.

چگونگی بهره گیری از داده های بدست آمده از دستگاه ریل تایم پی سی آر (داده های CT)، مفهوم بکارگیری ژن کنترل داخلی (ژن رفرنس) در روش ریل تایم، سنجش بیان ژن به صورت نرمالیزه کردن CTهای بدست آمده نسبت به کالیبراتور و ژن رفرنس، بکارگیری روش های LIVAK و Pfaffle و کاربردهای هر کدام و فرمول های بکار رفته در آنها و سنجش کارایی های هر یک و همچنین، نرم افزارهای کاربردی برای بررسی داده مانند REST، Q-Gene و ... از موارد دیگری بود که پیرامون آنها سخن رانده شد.

یادآوری میشود بخشی از سخنرانی ایشان همراه با نمایش کلیپی از استخراج آر ان ای، ساخت cDNA و کار با دستگاه ریل تایم بود و بخشی نیز بصورت بازدید آزمایشگاهی و انجام عملی کارها در خود آزمایشگاه بخش ژنومیکس و بیوتکنولوژی جانوری پژوهشکده انجام شد.

 

منبع : روابط عمومی
© تمامی حقوق برای پژوهشکده بیوتکنولوژی جانوری محفوظ است.طراحی شده توسط طراحی سایت داتک