با توجه به محصولات و دستاوردهای ارزنده پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران در شش حوزه کشت بافت و سلول، بیوتکنولوژی میکروبی، مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی، زیست شناسی سامانه ها، نانوتکنولوژی کشاورزی و فیزیولوژی مولکولی، و برخورداری از پژوهشکده های منطقه ای در رشت، تبریز و اصفهان و مدیریت بیوتکنولوژی منطقه شرق و شمال شرق کشور (در مشهد)، این پژوهشکده، بر اساس مصوبه شورای گسترش آموزش عالی به پژوهشگاه ارتقا یافت. گفتنی است این اولین واحد پژوهشی در وزارت جهاد کشاورزی است که موفق به اخذ مجوز پژوهشگاه از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری شده است.

مدیریت بیوتکنولوژی کشاورزی منطقه شمال کشور (رشت) نیز به عنوان یکی از چهار زیر مجموعه پژوهشگاه، به "پژوهشکده بیوتکنولوژی جانوری" ارتقا یافت. از اینرو این پژوهشکده در قالب سه گروه پژوهشی؛ بیولوژی مولکولی، ژنومیکس جانوری و بیوانفورماتیک و همچنین مهندسی ژنتیک جانوری با اولویت در زمینه دام، طیور، آبزیان و حشره­های صنعتی و سپس گیاهان استراتژیک منطقه شمال کشور برنامه های پژوهشی خود را فراگیرتر و گسترده تر از گذشته به پیش خواهد برد.